魔法禁书目录剧场版故事讲述的是在学园都市制作的宇宙升降机“安迪米昂（Endymion）”完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女・鸣护阿丽莎相遇了。茵蒂克丝与阿丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是阿丽莎。为何身为科学世界的阿丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市这边的利达・夏特阿乌拉率领着秩序维护部队开始了行动。上条与茵蒂克丝还有阿丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。”

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